Lillo lÀmnade sin roll som huvudtrÀnare i kinesiska Qingdao Huanghai i förra veckan och ersÀtter nu Mikel Arteta, som tog över Arsenal i december, som Guardiolas högra hand hos den engelska fotbollsjÀtten.
"Min relation med Pep strÀcker sig mÄnga Är tillbaka i tiden och jag Àr jÀtteglad över att förenas med honom som en del av det hÀr spÀnnande laget", sÀger Lillo till Citys hemsida.
54-Äringen trÀnade Guardiola i mexikanska Dorados i slutet av Guardiolas spelarkarriÀr 2006.
Han har ocksÄ basat över lag i Colombia och Japan, men har tillbringat den mesta tiden i en rad olika klubbar i Spanien.