Putin tillkännagav via videolänk att Michail Degtiarjov från det liberala nationalistpartiet LDPR blir ny guvernör i regionen. Den förre guvernören Sergej Furgal greps i början av juli anklagad för kopplingar till beställningsmord.
Gripandet har lett till stora protester i staden Chabarovsk de senaste veckorna där tiotusentals människor gett sig ut på gatorna för att visa sitt stöd för Furgal, som är mäkta populär i regionen och vann guvernörsvalet 2018 med stöd av 70 procent av väljarna.
Kritiker hävdar att anklagelserna är politiskt motiverade och har krävt att Furgal, som förts till Moskva, ska få sin sak prövad på hemmaplan i Chabarovsk i stället för i huvudstaden.
Putin nämnde ingenting om protesterna i videosändningen, men sade att Degtiarjov behöver inrikta sig på att hjälpa regionens "väldigt duktiga och aktiva" invånare.
– Vi måste se framåt och inte glömma bort de strategiska planerna för att utveckla denna stora och viktiga region, sade han.
Enligt ett dekret som släppts av Kreml ska Degtiarjov fungera som tillförordnad guvernör fram till att val kan hållas nästa år.