Det finns bara cirka 500 tumlare kvar i Östersjön och arten klassas som akut hotad enligt Helcom och IUCN. Om Nord Stream 2 får igenom sin ansökan kommer rörledningarna att gå igenom det nyinrättade Natura 2000-området som omfattar Hoburgsbank och Norra Midsjöbanken. Området är det viktigaste i Östersjön under tumlarnas parnings-, kalvning- och diperioden.
Det är buller från anläggningsarbetena som länsstyrelsen ser som störst hot. Väster om Natura 2000-området går den mest trafikerade farleden och öster om området ska rörledningen läggas, samtidigt som anläggningsfartygen kommer att gå mellan bankarna. Länsstyrelsen är därför orolig för att tumlarna kommer att undvika stora delar av området på grund av undervattensbuller, vilket kan påverka populationsnivån.
Länsstyrelsen är också oroad över att korrosion från rörledningarna kommer att öka mängden tungmetaller i bottensedimentet under ledningarna. Det behövs också en mer detaljerad beredskapsplan som omfattar Natura 2000-området. "Det saknas modellering av oljeutsläpp och tillhörande riskvärdering på sträckningen som är närmast Gotlandskusten, Gotska Sandön, och i Natura 2000-området", skriver länsstyrelsen bland annat i yttrandet till näringsdepartementet.