Gothemsån får nedslag på fem platser mellan Endre och Åminne för att vattnet inte uppnår god kemisk status.
Kustvattnet i Burgsviken och vattnet utanför Fårösund får anmärkning, liksom grundvattnet längs kusterna på södra Gotland, i Klintehamn, Visby, Havdhem och Ljugarn, samt nordöstra Gotland i Rute.
Bland de ämnen som hittats i vattnen finns arsenik, klorid, bly och bekämpningsmedel.