I en rapport till regeringen föreslår verket att det generella biotopskyddet ändras och att det ska bli lättare att få dispens från skyddet om det kan underlätta för att göra jordbruket mer ekonomiskt hållbart.
Myndigheten anser visserligen att biotopskydd är mycket viktigt för att säkra den biologiska mångfalden och att det är ett problem i slättbygderna där de uppodlade arealerna ofta är mycket stora. I dessa områden finns behov av fler dikesvegetationer och våtmarker, medan det i vissa områden finns gott om biotopskydd som i skogrika områden.
Jordbruksverket konstaterar bland annat att det i vissa fall kan finnas goda skäl för att ta bort exempelvis en stenmur, ett dike eller en småbiotop, om man kan visa på andra miljövinster som mindre dubbelkörning men risk för markpackning och ineffektiv hantering av gödsel och växtskyddsmedel. Det ska också bli lättare att få dispens från biotopskydd om det redan finns gott om biotoper i samma område.
Orsaken till de föreslagna förändringarna är behovet av ett långsiktigt och rationellt lantbruk. Att jordbruksmark odlas och naturbeten hålls öppna av betande djur är viktigt för att inte landsbygden ska växa igen och så småning om bli täckt av skog.